在对信息系统分析和规划之前，我们必须详细地了解第三方物流的实际作业流程，并对每个相关的环节进行具体分析，这样才能开发出适合企业实际情况的第三方物流管理信息系统。
供应链中第三方物流基本作业流程为：第三方物流企业接受客户的配送请求后，进行有关的订单审核、分类等处理，并根据订单安排货物进出库，拟定配送计划，力求按照客户需求将货物准确、及时地从市场供应方送达市场需求方（如图1所示）。
订单处理是整个配送中心业务的开始，也是信息系统中数据的起点。高效的订单处理是整个信息系统成功的关键，订单业务贯穿于整个物流供应链的每个环节。物流中心只有在接收到客户的有效服务请求后，才能继续开展配送、运输工作。订单的接收主要应通过互联网来实现，也可以通过电话、传真等其他手段，但在这种情况下，需要人工录入订单信息。
一个可靠的系统应在接收订单时对客户的身份进行验证，只有身份验证通过后才能为之提供服务，否则需要与客户进行进一步的联系，让客户修正或注册。客户在通过配送中心的服务器注册登记时，必须提供一些有用的信息，如公司联系电话、公司所在地点等。
由于客户的来源不同，所以应对不同服务类型加以区分，同时客户请求需及时响应，还要对配送的货物数量、类型、运输方式等进行分类整理。
库存管理主要是对整个库存商品的现状进行调查和全面管理，包括入库管理、出库管理、库存盘点。第一，入库管理是对进入仓库的货物信息进行收集（如登记、分类），为今后的配送做准备：第二，出库管理是结合配货处理来协同实现的，在接受订单和配送请求后，根据订单上的要求发放货物，并记录配送的相关信息；第三，库存盘点是对仓库中现有商品的现状进行管理，以便随时了解能否满足配送的需求。
配送系统是对具体客户的订单进行系统处理后界于订单处理和库存处理、运输处理之间的一个处理系统。系统根据订单要求，再结合库存状况进行配货处理或者联系供应商采购，并对处理结果进行相应的分类，或者向需求方发货。配送、运输处理是一个复杂的系统处理，因为第三方物流公司所面对的客户分布在不同的区域，物流中心必须掌握每个配送点的实时状况，然后通过决策系统的分析判断后，制订一个可靠、经济的配送计划，由相应的配送点或者整合其他供应链中企业的资源来完成。
第三方物流的财务结算与其他交易的计算方式一样，一般都是通过在银行设立专门账户，凭借配送单据，通过网络或其他方式，将款项划至中心账户。需要说明的是，这种结算方式是建立在双方诫信的基础之上的。
决策分析的目的是为了让企业以较小的成本完成更优质的配送任务。决策分析内容一般包括配送站点的决策、库存量的决策、车辆调度、外协合作商选择、客户管理等。
经营管理是指管理人员通过各种方法来实现配送中心效率的管理，并制订恰当的经营决策方案。根据各种信息与报表，包括配送统计数据、客户对配送服务的反应报告、配送商品次数及所需时间报告、配送商品的失误率、仓库库存情况、设备损坏及维修报告、设备成本分析、人力资源分析等作出决策。
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